Pour satisfaire à l'exigence conforme à la constitution consistant à transférer autant que possible le trafic de transit alpin de la route au rail et à limiter le nombre de véhicules à un maximum de 650 000 par an, le Conseil fédéral et le Parlement ont pris une série de mesures. La bourse du transit alpin est un instrument adéquat pour réaliser cet objectif. Une étude réalisée sur mandat des offices fédéraux en charge du développement territorial (ARE), des routes (OFROU) et des transports (OFT) a permis d'établir qu'une telle bourse était réalisable sur les plans fonctionnel, technique et juridique. Avec la bourse du transit alpin, l'ensemble des trajets autorisés chaque année est exprimé sous forme de droits de passage alpin. Un droit de passage alpin est obtenu en échange de plusieurs unités de passage alpin. Ces dernières sont d'abord vendues aux enchères et peuvent ensuite être librement échangées par les transporteurs. Leur prix est fixé en fonction de l'offre et de la demande. Une offre plus attrayante de trafic de marchandises par rail à travers les Alpes est une condition préalable.

Pour ne pas générer de trafic d'évitement via les pays limitrophes, la bourse du transit alpin doit s'inscrire dans une procédure coordonnée  englobant tout l'espace alpin. À l'initiative de la Suisse, une étude internationale a donc été lancée sur le thème «Systèmes de gestion du trafic pour le transport de marchandises à travers les Alpes». En dehors de la Suisse, la France, l'Allemagne, l'Autriche, l'Italie, la Slovénie et l'Union européenne sont impliquées dans cette étude. L'étude est aujourd'hui achevée, mais n'a pas encore été publiée. Actuellement des travaux sont menés afin d'attribuer des mandats complémentaires devant permettre de répondre à des questions qui restent en suspens.