Stephan Scheidegger studierte an der Universität Bern Rechtswissenschaften, erlangte das Patent zum bernischen Fürsprecher und schloss auch in Betriebsökonomie ab.
Er trat im Mai 1994 als Chef der Sektion Recht in das damalige Bundesamt für Raumplanung (BRP) ein. Von 1997 bis zum Entstehen des Bundesamtes für Raumentwicklung (ARE) im Jahre 2000 war er Mitglied der Geschäftsleitung des BRP. Im ARE leitete er zunächst die Sektion Recht und Finanzen. Per 1. Juni 2010 wurde er zum Vizedirektor ernannt, zwei Jahre später zum stellvertretenden Direktor.
Stephan Scheidegger leitet den Direktionsbereich 1.